For at sikre erhvervstrafikken i de danske farvande er der oprettet trafiksepareringssystemer, dybvandsruter og særlige gennemsejlingsruter. Oprettelse af trafiksepareringerne og de særlige ruter for erhvervstrafikken er imidlertid også til gavn for fritidssejlerne, som herved får en indikation af det almindelige sejlmønster for de større skibe. Fra broen af et stort skib er det vanskeligt at se en jolle eller en mindre båd, som derfor risikerer at blive sejlet ned, hvis de befinder sig i separerings- og rutesystemerne. Risikoen for at blive sejlet ned er især tilstede under nedsat sigtbarhed. Derfor bør fritidsfartøjer af alle kategorier holde sig væk fra separerings- og rutesystemerne. Beliggenheden af trafiksepareringerne og ruterne fremgår af kortskitserne.
For sejlads i trafiksepareringssystemerne gælder bestemmelserne i de internationale søvejsreglers regel 10. Er det undtagelsesvis nødvendigt at krydse en trafikseparering, skal det ske på en styret kurs vinkelret på ruterne. Krydsning bør kun finde sted, når det kan ske uden gene for erhvervstrafikken. I trafiksepareringssystemet FALSTERBOREV, SUNDET N., S-for GEDSER og BORNHOLMS GAT er der etableret kysttrafikzoner, som normalt ikke må benyttes til gennemgående trafik. Denne regel gælder for erhvervssejlere. Fritidssejlere bør netop sejle i disse kysttrafikzoner, for herved at undgå at komme tæt på de store skibe.
Dybvandsruter (DW-ruter) er forbeholdt skibe, som på grund af deres store dybgang kun kan sejle sikkert i ruterne og derfor har vanskeligt ved at gå af vejen. Fritidssejlerne bør derfor undgå sejlads i dybvandsruterne.
I gennemsejlingsruterne (mærket med røde streger i oversigtskortet) må forventes særlig stor trafik af handelsskibe. Vis hensyn over for disse skibe. Fritidsfiskere skal afholde sig fra at fiske, og sportsdykkere skal undlade at dykke i trafiksepareringerne, dybvandsruterne og gennemsejlingsruterne.
Bestemmelserne for sejlads i trafiksepareringssystemer skal overholdes uanset, om der er andre skibe i nærheden eller ej. Overtrædelse af regel 10, såvel som overtrædelse af de øvrige søvejsregler, straffes med bøde. Store bro-/tunnelbyggerier kan medføre særlige regler/restriktioner i lokalområderne, ikke mindst medens byggeriet står på. Alle fritidssejlere bør holde sig orienteret om disse.
Vessel Traffic Service (VTS)
I forbindelse med indsejling til havneområder, floder og vanskeligt passable farvande er der rundt om i verden etableret skibstrafiktjenester (VTS-systemer) til at overvåge og assistere en sikker afvikling af skibstrafikken. VTS-systemer kan have obligatorisk deltagelse for visse skibe, eller være frivilligt. Skibsmeldesystemer (Ships Reporting System eller SRS) i Danmark
Storebælt
I Danmark er der etableret skibsmeldesystemet BELTREP der opereres af skibstrafiktjenesten Storebælt (Great Belt) VTS der overvåger og assisterer skibstrafikken omkring Storebæltsbroerne samt Hatter Barn i Samsø Bælt. Joined Rescue Coordination Center (JRCC) er operatør af Storebælt VTS.
Sundet
I den midterste del af Sundet er der i et samarbejde mellem Danmark via Farvandsvæsnet og Sverige via Sjöfartsvärket oprettet et frivilligt skibsmeldesystem SOUNDREP, der opereres af Sound VTS beliggende i Malmø. SOUNDREP er fra 1. december 2010 godkendt som et obligatorisk og IMO godkendt skibsmeldesystem, der dækker hele Øresund. Yderligere information kan ses på: www.sjofartsverket.se/Sound-VTS Sejlads i skibsmeldeområder opereret af VTS Skibsmeldeområderne er fastlagt med grænser, der er tegnet ind i og beskrevet i de officielle søkort. For at kunne sejle korrekt skal også fritidssejlere have opdaterede søkort med om bord. Studer søkortet omhyggeligt før sejlads i et VTS-område. Vær opmærksom på den øvrige trafik i området og lyt - hvis I har en VHF-radio om bord - til de kanaler, skibstrafiktjenesten bruger til at informere skibsfarten.
Regler for fritidssejlads i Storebæltsområdet
Generelt
Skibe med en bruttotonnage på eller over 50 samt skibe med en højde over vandoverfladen på eller over 15,0 meter skal melde til BELTREP over VHF-radio ved passage af meldelinjer eller før afgang fra en havn i BELTREP. Se i øvrigt Bekendtgørelse 488 af 31/5 2007. Fortøjning til og opankring under broerne samt dykning og unødigt ophold i gennemsejlingsløbene under begge broer er forbudt uden forudgående tilladelse fra Great Belt VTS.
Specielt vedr. Østbroen
Ved gennemsejling af Østbroen gælder desuden, at skibe på eller over 20 meter samt sejlskibe så vidt muligt skal undgå sejlads i trafiksepareringens trafikruter og i stedet benytte de øvrige gennemsejlingsfag. Fiskeri er forbudt i trafiksepareringen mellem Korsør og Sprogø.
Specielt vedr. Vestbroen
Ved gennemsejling af Vestbroen gælder desuden at sejlads kun er tilladt for skibe under 1000 tons dødvægt samt skibe med en højde over vandoverfladen på eller under 18 meter. Nordgående skibe skal benytte det østlige brofag og sydgående skibe skal benytte det vestlige brofag. Ankring og fiskeri er forbudt i de afmærkede anduvningsløb samt over en strækning på 500m i disse sejlløbs forlængelse på den anden side af broen. Inden for en afstand af 500 meter fra broen er sejlads på tværs af farvandet ud for gennemsejlingsfagene forbudt.